Di nobile famiglia genovese nacque nel 1550 nell’isola di Chio. Costretto a fuggire con il fratello per motivi politici, riparò a Genova presso suo zio vescovo Antonio.
Con la bolla di papa Clemente VIII del 2 agosto 1593 venne eletto vescovo di Gravina.
Nel 1594 riprese un vecchio progetto del 1568 di Monsignor Francesco Bosio relativo alla costruzione del primo seminario dell’Archidiocesi di Acerenza approvato dai visitatori apostolici inviati dalla S. Sede. Trasferito nella diocesi di Perugia Bosio, il progetto fu trascurato dal suo successore Antonio Maria Manzolio (1581-1593), ma fu ripreso da Giustiniani che cercò in tanti modi di reperire i fondi necessari per la costruzione.
Nel 1596 il seminario era realizzato nei pressi di Porta Aquila o, come riportano alcune fonti, Porta Lequile, grazie alla tenacia del vescovo che dovette superare, prima le difficoltà della carestia provocata dalla invasione devastatrice delle locuste e delle cavallette nel 1595, e successivamente gli ostacoli dell’allora sindaco dell’Università di Gravina, Manilio Camerota, circa le decime e la gabella del vino.
Questi introiti permisero la crescita del seminario e favorirono l’educazione dei fanciulli.
In una Relazione ad limina di mons. Giustiniani del 1603 si legge l’invito del vescovo all’arcivescovo di Acerenza di provvedere al mantenimento del seminario, non potendo questo essere retto “in perpetuo” dalle sole rendite ecclesiastiche.
Costruì nelle immediate adiacenze della chiesa di S. Matteo un conservatorio per fanciulle perdute, chiamate penitenti.
Nel 1602 fece costruire, a proprie spese, fuori le mura della città la chiesa di Santa Maria delle Grazie a somiglianza della cattedrale con fabbricato annesso destinato ad ospitare vescovi e seminaristi nei mesi estivi. La chiesa è certamente singolare e originale in quanto la facciata principale riproduce l’insegna del vescovo: tre torri sormontate da un’aquila maestosa ad ali spiegate.
Morì il 3 ottobre del 1614 all’età di 64 anni dopo un episcopato di 22 anni e una vita rivolta al bene comune.
Le sue spoglie mortali furono deposte in un monumento funebre in pietra sormontato dalla sua immagine a mezzo busto in altorilievo. Il monumento è nella Basilica cattedrale di Gravina.